Земля. Начало времен. Во вступительной части зрители видят, как наша планета подвергается терра и биоформированию могущественными, богоподобными пришельцами под названием Инженеры. Семена жизни посеяны на Земле этими фантастическими существами, которые способны создавать и управлять как механическими и биологическими объектами по своему желанию. В финале вступления показано, как самый первый генетический код жизни генерируется в массивной ЦИТАДЕЛИ Инженеров в гухой пустыне.


Смена кадра. Пустынная часть Африки, 2085 год. Доисторические руины Цитадели Инженеров обнаружены служащими строительной компании, которые завершают монтаж коммуникаций для возводимой неподалеку атомной электростанции. Среди руин найдены биомеханические создания, которые, без сомнения, внеземного происхождения. Эта находка привлекает внимание огромной корпорации WEYLAND-YUTANI, которая финансирует массивные археологические раскопки в надежде на последующее использование инопланетной технологии для извлечения выгоды.


Руководит операцией МЕРЕДИТ ВИКЕРС, расчетливый и холодный менеджер корпорации, которая принимает на работу умного и независимого астрофизика, доктора ЭЛИЗАБЕТ ШОУ и поручает ей возглавить исследовательскую группу. Помощниками доктора Шоу становятся палеантолог ТЕО ЗЕДМОР и ее приятель, астрофизик доктор ЛОГАН. Шоу раскрывает тайну Цитадели, когда обнаруживает карты зведного неба, которые, как считается, указывают путь к родной планете Инженеров. Также обнаружены свидетельства причастности инопланетной расы к созданию жизни на Земле, в том числе и человека, и наличия у них полной базы данных о всех живых существах планеты.


Смена кадра. В частично затопленном Манхэттене Викерс встречается с доктором Шоу и неким чиновником внепланетной администрации, капитаном Иеремией Янеком, и планирует космическое путешествие по маршруту, указанному в картах звездного неба, чтобы найти и установить первый контакт с Инженерами. Для ученых и исследователей на борту это путь к неведомым открытиям, но для Викерс - всего лишь способ завладеть новыми технологиями, чтобы компания Weyland-Yutani могла сохранить лидерство в борьбе с конкурентами за право обустраивать внеземные колонии.


Смена кадра. Глубокий космос: 2090 год. Самый совершенный корабль ISRV (Межзвездное научно-исследовательское судно) "ПРОМЕТЕЙ" замедляется поскольку, как полагает его экипаж, оно достигло конечной цели миссии. Команда судна выходит из анабиоза. Наряду с Элизабет Шоу, Тео Зедмором, Логаном, Мередит Викерс и капитаном Янеком, команда "Прометея" состоит из первого помощника по имени МАДОУ, офицера службы безопасности РЭЙДЕНА ХОЛЛОУЭЯ, навигатора по прозвищу ШАНС, офицера РЭЙВЕЛА,, Андроид ДЭВИДА 4.0, чиновника ОЛДРИЧа, медицинского работника по имени ФРЭНСИС, инженера ЮРИЯ, и офицеров технической службы СИЕНЫ, ЛЕТАП, и ТЕМБРУК. Команда акклиматизируется, и возвращается к жизни после криосна, восстанавливая атрофированные после многолетнего пребывания в искусственной коме мышцы. Холлоуэй берется помочь Шоу в восстановлении физической формы.


Команда готовится к прибытию на родную планету Инженеров. Между Шоу и Холлоуэем начинается роман. Но тут корабль, находящийся около звезды Дзэта 2 в созвездии Сетки "Прометей" сталкивается с массивным возмущением, которое не смогли засечь сканеры, и которое оказывается так называемой червоточиной в космосе. "Прометея" затягивает в воронку, и после мучительного полета, он появляется на другом конце пространственной аномалии. Судно терпит крушение на бесплодной планете, которую поврежденная компьютерная система идентифицирует как цель миссии.


Команда приступает к починке "Прометея", в то время как Элизабет Шоу возглавляет экспедицию, которая должна исследовать странные структуры, оказывающиеся храмом Инженеров. В нем команда Шоу сталкивается с причудливым БИОМОЗГОМ, биомеханическим созданием, представляющим собой огромное лицо на высокой стене, а также находит тысячи странных контейнеров. Андроид Дэвид забирает несколько из них на корабль для анализа.


Исследуя контейнеры, Дэвид обнаруживает, что они содержат генетический материал для тысяч разновидностей живых существ, который заключен в вязкой субстанции под названием БИОМАССА. Она может влиять на любой живой организм на клеточном уровне. В основном владение веществом дает его владельцу власть создать жизнь. Vickers взаимодействует с Дэвидом и , придавая ему новые свойства. Викерс интересуется результатами работы Дэвида и, вероятно, случайно способствует его инфицированию через порез на пальце.


Смена кадра. В глубинах Храма зрители видят нескольких Инженеров, которые обнаруживают вторжение людей и похищение генетического материала и дистанционно перепрограммируют его, превращая биомассу в оружие. Инженеры захватывают Холлоуэя и проводят над ним ужасающие эксперименты с использованием своих технологий, подчиняют его волю и разрешают ему возвратиться на корабль.


Впоследствии команда "Прометея" начинает подвергается воздействию биомассы, когда лазутчик Холлоуэй инфицирует членов экипажа одного за другим. Жертвы начинают терять свою человеческую природу и медленно преобразовываться, испытывая кошмарные видения и галлюцинации и совершая тайные паломничества в глубины Храма, чтобы получить инструкции от Биомозга. Но Холлоуэй неожиданно оказывается устойчивым к трансформации, он борется с внешним влиянием на свое сознание и в этом ему помогают чувства к Шоу и его офицерский долг. Тем временем Дэвид осознает, что Биомасса постепенно превращает его существо, создавшее его - в человека. К своему ужасу команда "Прометея" понимает, что бросок сквозь червоточину отбросил их на сотни миллионов лет назад, и они находятся на тогда еще безжизненной Земле.


В конечном счете, когда влияние и тайное присутствие Инженеров становится очевидным, члены экипажа, не подвергшиеся заражению, вступают в схватку со своими товарищами, ставшими ужасными мутантами - скелетоподобными существами Протоформами, стремящимися убить оставшихся в живых землян в тесных коридорах "Прометея"..


Большинство людей гибнет в этой битве. Тем временем в процессе странной церемонии Протоформы с помощью Биомозга вступают друг с другом в связь, в результате которой на свет появляются тысячи яиц, которые должны дать начало расе ужасных монстров. Мередит Викерс оказывается тайным лазутчиком Инженеров, которая была выращена в их лаборатории, но сбежала и скрылась на Земле, горя желанием вернуться и отобрать у своих создателей их власть. Но Инженеры активизируют вторичное ГЕННОЕ ПРОГРАММИРОВАНИЕ Викерс, и она преобразовывается в кошмарное существо АЛЬФА ПРОТОФОРМ.


Наконец, два остающихся члена команды, Элизабет Шоу и Дэвид, пытаются остановить богоподобных творцов в их Храме. Инженеры теперь представляются как абсолютное зло, и Дэвид жертвует собой, растворяясь в так называемом ЖИЗНЕННОМ СЕМЕНИ - биоматериале, содержащем основной генетический код ЧЕЛОВЕКА. Следовательно, именно андроид Дэвид становится прародителем цивилизации людей.


Шоу захвачена Холлоуэем, но в нем еще теплится искра человечности, и он умудряется активировать один из кораблей Инженеров для спасения Шоу, а затем сдерживает натиск Протоформов и Инженеров в доке. Во время бегства Шоу становится свидетельницей начальной стадии терраформирования Земли, которую зрители видели во вступлении. Ее преследует создание, в которое превратилась Викерс.


Шоу направляет корабль к червоточине, Холлоуэй, борющийся с Аьлфа Протовормом, исчезает вместе с ней в пространственной аномалии.


Смена кадра. Знакомый всем поклонникам "Чужого" корабль Инженеров стартует из Храма и следует за Шоу, но терпит аварию в червоточине. Шоу появляется на Земле в ее настоящем времени, однако ее рассказам не верят, и власти считают ее ответственной за потерю ее экспедиции и корабля и помещают ее в психиатрическую клинику Компании. Но есть те, кто склонен прислушаться к версии Шоу, но одновременно заставить ее замолчать, чтобы сохранить секретность.


В заключительной сцене мы видим судно Инженера, который преследовал Элизабет Шоу. Оно появляется из червоточины все в том же созвездии Сетки, но в доисторическом прошлом, и терпит катастрофу на безжизненном планетоиде. Пилот корабля абсолютно беспомощен, а в тысячах яиц в грузовом отсеке судна заметно пробуждение какой-то жизни.